最高法院通过相关解释、会议精神和判例，确定了独立保函案件的审理观点，但随之也所产生了很多问题：
1、因缺乏独立保函适用法律的明确规定，实践中法官只能本着最高法院的指导精神和最高法院及其他法院的相关判例进行裁决，缺乏权威性、严肃性。
2、最高法院确定了“独立保函仅适用于涉外民商事案件”的指导精神，但没有对“涉外”因素如何认定作出解释。虽然，最高人民法院《关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》规定：“凡民事关系的一方或者双方当事人是外国人、无国籍人、外国法人的；民事关系的标的物在外国领域内的；产生、变更或者消灭民事权利义务关系的法律事实发生在外国的，均为涉外民事关系”。但目前经济贸易关系十分复杂，时常伴有国际国内因素和环节难以明显划分；而且，对于涉外因素的审查是基于保函法律关系本身，还是包括基础合同法律关系？比如这个案例：北京某承包商在印尼承包某电站项目的工程总承包，将其中安装工程分包给浙江某公司，北京承包商根据总承包合同约定向国外业主出具了独立保函，同时浙江公司向北京承包商出具了分包部分独立保函，目前北京承包商对浙江公司的担保银行提起独立保函诉讼，要求担保银行无条件支付担保金额人民币5000万元，开庭时双方对独立保函仅适用于国际商事贸易没有争议，但对本案分包商的独立保函是否含有“涉外”因素双方有明显相反的观点，是基于保函关系本身还是依据基础合同、担保关系综合认定是否“涉外”，双方争论不休。虽然最高人民法院民四庭庭长刘贵祥观点认为，涉外因素应基于保函法律关系本身来审查，但从前述案件的审理来看尚存在较大争议。
3、最高法院将独立保函的法律适用区分为涉外和不涉外二种情况，且得出的结论对当事人产生相反的影响。尤其是对类似于前述印尼电站的项目，总承包商向国外业主开出的独立保函司法实践中予以认可，总承包的担保银行需承担担保责任；而总承包商就此承担责任后，向分包商的担保银行索赔时，则可能会因不具备涉外因素而被否定独立性，从而给总承包商带来极大的履约和索赔风险。
4、由于司法实践中对于国内经济贸易的独立保函否定了其独立性，会造成施工单位为承担业务毫不犹豫的按业主要求答应出具独立保函,而银行则会基于国内司法实践的考虑，先配合施工单位出具、在业主索赔时则以独立保函在国内经济中应否认其独立性为由, 行使主合同及从合同的抗辩权，不予承担保函约定的责任。这种局面将会助长企业和银行的不诚信，造成建筑市场的进步混乱。