但在建设工程领域，工程款相对于普通债权具有一定的特殊性，由人工费、材料费、管理费等组成，承包人获取工程款后还需向各第三人分配。所以，发包人与承包人之间抵销工程款之债的行为可能牵涉第三人利益——尤其是依托于实际施工人利益的农民工工资，并因此产生了一定争议，本文即对此分不同情形作简要探究。
一、不存在实际施工人时的抵销行为效力
在建设工程施工合同有效时，不存在实际施工人，承包人确定无争议地对发包人享有工程款债权。因此，当发包人对承包人也享有到期金钱债权时，可依法将债权在同等数额内合意或单方抵销。
工程款相对于普通债权具有一定的特殊性，由人工费、材料费、管理费等组成，承包人获取工程款后还需向各第三人分配，与农民工权益有密切关系。发包人与承包人间抵销工程款，无疑可能增加农民工取得工资的难度，而相较于发包人利益，农民工权益更应当受到保护。但是不存在实际施工人时，即使阻却了抵销行为，工程款也只能先流向承包人，并没有有效的法律措施能阻止承包人用这笔款项来优先偿付发包人的债权。因此，此时不能以危害农民工利益为由否认发包人与承包人之间合法的抵销行为。
有观点提出抵销可能会损害分包人的代位权、优先受偿权，我们不予认可。以优先受偿权为例，合法分包人原则上无权直接向发包人主张行使优先受偿权，仅在承包人怠于行使优先受偿权损害分包人利益时，分包人才能在其承建的工程范围内、在发包人欠付的范围内向发包人主张工程价款优先受偿权。如安徽高院出台的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的指导意见》规定：分包人或实际施工人完成了合同约定的施工义务且工程质量合格的，在总包人或非法转包人怠于主张工程价款优先受偿权时，就其承建的工程在发包人欠付的工程款范围内主张工程价款优先受偿权，可予支持。而抵销属于承包人积极实现自身工程款债权的行为，不存在承包人“怠于”的情形，也不存在分包人优先受偿权的适用前提。代位权亦是同理。
二、实际施工人向发包人主张欠付工程款时的抵销行为效力
“实际施工人”是建筑行业中转包、违法分包、借用资质等乱象的产物，指依照法律规定被认定为无效的建设工程施工合同中实际完成工程建设的主体。《民法典》793条吸纳了原来的《建设工程施工合同司法解释》的第2条，规定：“建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人”。建设工程施工合同无效后，当事人为工程投入的人力、物力、财力已经物化，无法恢复原状，发包人应当以“折价补偿”的方式向承包人进行不当得利返还，这种“折价补偿”的性质属于不当得利之债。不当得利之债虽然与普通合同之债法律性质有所区别，但是适用法定抵销并不存在障碍。有观点认为二者性质不同，属于“依据法律规定或者合同性质不得抵销”的情形，是错误的。
对于但是相比于其余第三人，实际施工人因其实际履行了施工义务，可能享有突破合同相对性，直接向发包人主张欠付工程款的权利。所以，当存在实际施工人向发包人主张欠付工程款时，发包人与承包人之间的抵销行为似有损害实际施工人权益之嫌，抵销的效力应当何去何从？对此，我们根据实际施工人提出主张的时间、途径，主动债权与涉案工程的相关性等因素划分出下列四种情形，分别讨论。
1、实际施工人未在抵销前提出主张时
实际施工人突破合同相对性直接向发包人主张欠付工程款，须以发包人尚有欠付工程款为前提。但是若发包人与承包人已经在实际施工人提出主张之前完成抵销，则该部分被抵销的工程款已不属于“欠付工程款”，实际施工人突破合同相对性的前提不存在，自然也不可能影响抵销行为的效力。在绍兴市中级人民法院二审的金国平与浙江众立建设集团有限公司、绍兴金帝商业发展有限公司建设工程施工合同纠纷一案【（2019）浙06民终2992号】中，上诉人即以发包人和承包人之间的抵销行为损害了实际施工人直接向发包人主张欠付工程款的权利为由，主张抵销无效。但是法庭认定抵销的意思表示作出于实际施工人向发包人主张权利之前，所以认定发包人与承包人之间不存在恶意串通损害实际施工人权利的情形，驳回了上诉申请，确认抵销行为有效。
2、发包人债权与工程建设相关时的抵销行为
当发包人对承包人享有的债权因工程建设而发生，且款项被用于工程建设时，发包人当然可主张以此抵销工程款。如实践中常见的承包人（或实际施工人借承包人名义）为施工而向发包人借款，由于该款项实际上由实际施工人使用，且该款项通常可视为工程预付款，此时抵销行为并无损害实际施工人利益之嫌。
如在常州东渡房地产开发有限公司与南京视冠智能科技有限公司、江苏银鑫智能科技有限公司等建设工程施工合同纠纷一案的二审【（2018）苏04民终3693号】中，常州市中级人民法院判决发包人直接向实际施工人履行欠付工程款，但同时认为有证据证明与涉案工程有关的借款可抵销涉案工程款，在认定的欠付工程款数额中扣除了相应部分。
3、实际施工人向发包人主张行使代位权时
实际施工人向发包人直接主张工程款，除了依据适用条件苛刻的《建设工程施工合同司法解释（一）》第43条第2款之外，还可以通过主张行使代位权。但行使代位权并未“真正地”突破合同相对性，并未真正取得债权人地位，须以承包人未积极主张权利为前提。而抵销行为作为一种履行行为，本身已经否定了实际施工人代位权的行使前提。因此，实际施工人向发包人主张行使代位权并不会影响抵销行为的效力。
4、实际施工人依据《建设工程施工合同司法解释（一）》第43条第2款向发包人主张工程款时
《建设工程施工合同司法解释（一）》第43条第2款规定了实际施工人可在特殊情形下突破合同相对性，直接向发包人主张工程款。该条立法本意在于保护实际施工人背后的农民工利益，最高院民一庭庭长程新文曾在第八次全国法院民事商事审判工作会议《关于当前民事审判工作中的若干具体问题》中强调，只有在欠付劳务分包工程款导致无法支付劳务分包关系中农民工工资时，才可以要求发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。
当实际施工人依据该条向发包人主张工程款时，承包人的债权似乎陷入了不确定状态，此时发包人还能否主张抵销？我们认为，此时应当依据实际施工人是否为事实合同的当事人分情况讨论。
（1）事实合同关系下的抵销行为效力
《建工合同司法解释(一)》第43条第2款虽已赋予实际施工人突破合同相对性的权利，但在理论上众说纷纭，一直未能体系化解释该权利的法律依据，。其中，“事实合同关系说”较得较为广泛的认同，可以厘清部分情形下该诉权的法律关系。该说认为，若发包人在订立施工合同时明知实际施工人的存在，则发包人与承包人之间订立的施工合同因虚假意思表示而无效，发包人与实际施工工人之间成立事实上的施工合同，因此实际施工人可得直接向发包人主张工程款。
该说既是对43条第2款的解释，其实也超出了该条司法解释的范围。在该说下，实际施工人对发包人享有的工程款债权源于其事实合同当事人的身份，而非法院依据43条第2条作出的判决，承包人自始不享有工程款债权。所以，若案情中实际施工人与发包人构成事实合同关系，且法院采纳了该说，则发包人与承包人并不互负债务，抵销自然无从谈起，不可能得到支持。
（2）非事实合同关系下的抵销行为效力
事实合同关系说只能解释“发包人明知”时的法律关系，在其他情形下，在法院作出发包人直接向实际施工人履行欠付工程款的判决之前，承包人至少享有“初始工程款债权”。《建工合同司法解释(一)》第43条第2款虽赋予了实际施工人诉权，但并未赋予该诉权相对发包人抵销权的优先性。此时，发包人的抵销权和实际施工人的诉权皆有合法依据，都是为了维护自身合法利益，而非追求不当得利，不能简单认定发包人主张抵销的行为属于“恶意”。此种情形下判断抵销是否有效，关键在于法益间的权衡，更多地是一种价值判断，判断何种法益更值得保护。
而结合43条第2条的立法本意，从价值判断的角度出发，在发包人对于实际施工人的存在没有过错时，只有农民工工资利益应当优先于发包人利益受到保护。此时，实际施工人对欠付工程款中农民工工资部分的主张有阻却抵销的效力，对其余部分的主张不能对抗发包人的抵销权。
所以，我们认为，在实际施工人与发包人之间不构成事实合同关系时，应当先判断案情是否符合43条第2款的适用前提，即实际施工人不直接向发包人主张工程款就难以保障其权利实现，且欠付工程款已导致实际施工人无法支付农民工工资。若不符合适用前提，则实际施工人的主张没有合法依据，抵销自然合法有效；若符合适用前提，则欠付工程款里农民工工资对应的部分抵销无效。
三、总结
通过上述分析，我们总结出，若欲以损害实际施工人利益为由认定发包人与承包人间抵销欠付工程款的行为无效，须同时具备下列三项条件：
1、实际施工人在抵销行为发生前向发包人主张工程款；
2、发包人对承包人享有的债权与涉案工程无关；
3、涉案情形符合《建设工程施工合同司法解释（一）》第43条第2款的适用前提。
同时，在实际施工人与发包人之间不构成事实合同关系时，即使抵销行为无效，我们从法理逻辑、立法精神和价值判断分析，认为无效范围不应是全部欠付工程款，而应仅限于其中的农民工工资部分。