一、如何认定合同性质，准确确定案由。
根据《合同法》建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同，建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。但实践中建设工程既涉及工程的勘察、设计、施工，又涉及材料采购、工程款的借贷、工程项目分包、劳务分包、雇佣农民工。这期间每个环节处理不当都会产生纠纷，纠纷的类型也限于建设工程合同纠纷，还有可能是买卖合同、借款合同、承揽合同、劳务合同纠纷。这些纠纷都由建设工程引起，具有一定的相似性，有时难以区别。实践中应具体问题具体分折，找出问题关键，准确认定合同性质、确定案由。
1、按承揽合同处理的情况。
自然人为建造住宅、装修房屋而签订的合同，即为外墙抹灰、贴砖、挖沟、拆除改造、零星土建而订立的施工合同，标的一般较小，对发包人、承包人的要求不高，可以是单位，可以是自然人，这类合同多按承揽合同处理。还有一些单位不符合承包人的条件如没有相应资质，而签订建设工程合同，但工程验收合格，且符合承揽合同的，一般不认定合同无效，而按承揽合同处理。
2、建设工程施工合同无效时案由的确定。
非法转包、违法分包及没有资质、超出资质、借用资质（即挂靠）施工、非法招投标，均会导致合同无效，但因此产生的纠纷还应确定为建设工程合同纠纷，适用关于建设工程合同的法律、法规和司法解释。
３、存在劳务分包纠纷时案由的确定。
承包人没有承揽建设工程的资质，但具有劳务分包资质的，其与总承包人、分包人签订分包合同如何处理呢？根据《最高院建设工程施工合同司法解释》（以下简称解释）第七条规定，具有劳务作业法定资质的承包人与总承包人、分包人签订的劳务分包合同有效。但是虽然称作劳务分包合同，但发生纠纷时还是按照建设工程合同纠纷处理。
４、认定为劳动合同纠纷的情况。
在劳务分包中，劳务分包人还要雇佣工人施工，形成劳动关系，工人成为劳务承包人的内部成员，按照承包人的要求承担一定的工作，接受一定的报酬，因此产生纠纷应认定劳动合同纠纷，适用劳动法、劳动合同法等相关法律规定。
5、认定为劳务合同纠纷的情况。
如果是自然人包清工，无论工程规模多大，个人只提供劳务，应认定属于劳务合同。
6、其它涉及建设工程合同纠纷的商事纠纷。
此外，承包人在履行建筑工程合同过程中需要采购建筑材料，在采购过程中可能产生买卖合同纠纷。发包人、承包人为了工程筹集资金，往往向银行等单位贷款，此时借贷双方又可能产生借款合同纠纷。工人在施工过程中受伤还会涉及损害赔偿纠纷，这些纠纷虽然容易定性，但参杂在建设工程合同纠纷（如挂靠、分包、转包等）中，审理时也离不开关于建设工程合同方面的法律规定。
二、如何确定建设工程施工合同纠纷的诉讼主体。
建设工程施工合同涉及多方利益主体，如何确定各方主体，包括发包人、总承包人、分包人、实际施工人、劳务承包人、劳动者在
此类案件中诉讼地位是难点之一，实践中常遇到的有以下几种情况。
1、发包人因建设工程质量不合格提起诉讼时的诉讼主体。
此类案件中既有总承包人、又有分包（包括违法分包）人和实际施工人的，依《解释》第二十五条规定，发包人可以以总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼。如果发包人只起诉其中之一的，可依当事人的申请，将另外几方追加为共同被告。
2、实际施工人索要工程款提起诉讼时的诉讼主体。
如果只起诉承包人,应予准许，原则上不将发包人列为案件当事人。但承包人要求追加发包人为第三人的，而发包人对承包人又负有义务的，可以将发包人列为第三人；法院为了查明案情,也可以追加发包人为第三人。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人,发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。
3、挂靠情况下的诉讼主体。
没有资质的实际施工人挂靠有资质的单位并以被挂靠单位名义签订建设工程施工合同，挂靠单位或被挂靠单位起诉发包人的，发包人可申请追加被挂靠单位或者挂靠单位为第三人。发包人起诉挂靠单位或者被挂靠单位的，可以追加被挂靠单位或挂靠单位为共同被告。
4、转包时的诉讼主体
承包人经发包人同意将工程转包的，属于合同转让即合同权利义务的概括转移。合同一经转让（转包），承包人即退出承包合同关系，受让人取得原合同当事人的法律地位，其起诉索要工程款，应当直接起诉发包人，与此相对应，发包人因工程质量问题应直接起诉受让人。
5、项目经理部签订的建设工程施工合同的诉讼主体。
工程项目经理部以项目部名义对外签订合同，因工程项目经济部不是独立的民事主体，因此发生争议时，应以项目经理部所属单位为诉讼主体。
6、联合承包时的诉讼主体。
多个承包人联合共同承包工程的，因其均为承包合同的一方当事人，发生纠纷的，各承包方应作为共同原告或被告。
三、借用资质承包（挂靠）、非法转包、违法分包以及内部责任制承包的认定与处理。
一些不具备相应资质的承包商或个人挂靠在有资质单位名下承包工程，并向被挂靠单位支付一定的管理费，这是挂靠行为；承包商为了技术需要和经济利益，常常会把自己承包的工程全部转包或肢解以后全部分包给其他单位，这是非法转包；一些单位违反法律强制性规定将工程分包；还有一些单位将工程承包给自己单位的职工个人或某个部门，职工自行组织施工，单位和职工结算工程款，职工再与农民工结算，这种行为单位和职工间是内部承包关系。实践中，建设工程合同纠纷有很大部分是由以上行为引起的，所以审理建设工程合同纠纷必须对此加以重视。转包和挂靠从定义上很好
识别，这里不再多说。违法分包的情况相对复杂，概括起来有以下几种：
1、承包人将建设工程主体结构的施工分包给第三人。
2、承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位或个人。
3、分包单位将其承包的建设工程再分包的。
4、承包人未经发包人同意，擅自将自己承包的工程分包给他人。
5、根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》，下列行为是违法劳务分包行为。
(1)施工单位将建筑工程的劳务作业分包给不具备相应资质条件的企业或个人(“包工头”)。
(2)施工总承包或专业承包企业没有将其承包工程的劳务分包，但施工现场的作业人员又不是本企业职工(即未签订过劳动合同，或虽签订劳动合同但没办理社会保险)的。
(3)劳务作业承包人将所承包的劳务作业再分包的。
《解释》第四条明确规定，承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。可见非法转包、违法分包和挂靠导致的后果是合同无效，即可按照合同法第五十八条关于无效合同的规定处理；法院还可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得；《解释》第二条又规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。如果因违法分包、非法转包、挂靠导致工程质量不合格，根据《解释》第二十五条,总承包人、分包人、实际施工人应向发包人承担连带责任。
实践中还会出现内部责任制承包，是合法施工主体与其分支机构或职工签订合同，将其承包的全部或部分工程承包给下属分支机构或职工施工，并在资金、技术、设备、人力等方面给予支持,内部责任制承包是建筑施工企业内部管理的一种形式，合法有效，发生纠纷时由建筑施工企业对外承担责任。
四、建设工程合同纠纷的违约责任及责任承担方式。
因建设工程合同涉及多方利益主体，违法转包，层层分包，非法挂靠行违法违约行为颇为常见，根据《合同法》和《解释》建设工程合同违约分发包方违约和承包方违约。
1、发包方违约有如下情形：
（1）、发包方未按照约定提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的。承包方可以顺延工程日期，发包方赔偿停工、窝工等损失。
（2）、因发包方的原因致使工程中途停建、缓建的。发包方应当采取措施弥补或者减少损失，并赔偿承包方因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。
（3）、发包方提供的技术资料存在错误、变更设计文件、变更工程量、未按约定及时提供材料和设备、未提供必要的工作条件的。发包方应采取补救措施并赔偿损失。
（4）、发包方提供的设计有缺陷，指定购买的建筑材料、配件、设备不符合强制性标准，直接指定分包人分包专业工程，导致工程质量缺陷的。承担过错责任。
（5）、发包方未按约定给付工程款的，除按约定履行给付义务外，还应赔偿给承包方造成的损失。
（6）、建设工程未经竣工验收，发包方擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持。
2、承包方违约有如下情形：
（1）、承包方不按照设计文件和施工规范进行施工，因偷工减料、粗制滥造、擅自修改工程设计导致工程质量不合格的，应在合理期限内无偿修理或者返工、改建,并赔偿发包方的损失。
（2）、承包方延误工期，没有按约定时间完工的，应承担迟延履行的违约责任，主要表现为继续履行、支付逾期违约金、减少工程款等。
（3）、总承包方违反约定将工程转包、分包的，应与实际施工人就工程质量对发包方承担连带责任。
五、如何确定工程价款及其利息。
在建设工程合同纠纷中因工程价款涉及双方的根本利益，所以工程价款往往成为双方争议的焦点，但因其计算复杂、设计图纸变化、双方约定不明确等因素，确定工程价款成为审理此类案件的难点之一。
1、按双方约定确定工程价款。
双方在合同或补充协议中对工程价款有约定的按约定，但约定价款不能低于工程成本。《建筑法》第十八条规定：建筑工程造价应当按照国家有关规定，由发包方与承包方在合同中约定。公开招标投标的，其造价的确定，须遵守招标投标法律的规定；国务院《建设工程质量管理条例》第十条规定：建设单位不得迫使承包方以低于成本的价格竞标。
2、按约定标准和方法确定工程价款。
双方在合同中未约定工程价款，但约定了计价标准或者计价方法，应按约定标准和方法确定工程价款。《解释》第十六条规定当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
3、实际施工时图纸发生变化时的工程价款。
双方在合同中对工程价款有约定，但实际施工时图纸发生变化，导致实际工程量增减，当事人对工程价款不能协商一致的，根据《解释》可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款，但这涉及工程计算方面的专业知识，实践中多要通过鉴定程序确定工程价款。
4、建设工程合同无效或合同被解除，但建设工程经竣工验收合格，应参照合同约定确定工程价款。
5、建设工程经竣工验收不合格时工程价款的确定。
建设工程合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，或建设工程合同无效或合同被解除，建设工程经竣工验收不合格的。根据《解释》能修复后的由承包方进行修复，修复后的建设工程经竣工验收合格的，承包方承担修复费用，工程价款参照合同约定确定；修复后的建设工程经竣工验收不合格的，承包方请求支付工程价款的，不支持。
6、按约定固定价款确定工程款。
当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持，应按约定固定价款确定工程款。
7、当事人对工程量有争议时的处理。
当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
8、当事人有特殊约定的按约定处理。
当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包方请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。审判实践中适用该规定特别要注意其前提条件，即当事人双方必须在合同中明确约定逾期不答复即视为认可竣工结算文件或按结算文件载明的价款结算工程价款。如当事人在合同中只约定发包方应在承包方提交结算文件后一定期限内予以答复，并未约定逾期不答复视为认可竣工结算文件或按结算文件的价款结算工程价款，则不应适用上述规定。在司法实践中，一般的处理是：如果双方对结算不能协商一致，则可以提交鉴定单位鉴定，以鉴定结论作为判案依据。
9、欠付工程价款利息的确定。
当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的,下列时间视为应付款时间：建设工程已实际交付的，为交付之日；建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
六、如何正确理解实际施工人。
《解释》第一条、第四条、第二十五条、第二十六条都提到
了“实际施工人”，承包方与发包方订立建设工程施工合同后，往往又将建设工程转包或者违法分包给第三人，这第三人便是实际施工人，但《解释》并未对其进行明确定义，因此实践中对实际施工人这一概念和范围认识不清，产生了不同的理解，增加了审理建设工程合同纠纷的难度，概括起来实际施工人有如下特点：
1、实际施工人是违法承包人。
实际施工人是指在合同无效前提下的转包或者违法分包或者借用资质实际从事施工的违法承包人。根据《解释》它主要包括借用其它建筑施工企业名义施工而自身没有资质的资质借用人，和非法转包、违法分包建设工程并实际施工的转承包人、分承包人，应招标而未招标或中标无效的承包人。
2、名义上符合承包人、施工人要件。实际施工人与发包人之间在已经全面实际履行承包人与发包人之间的施工合同并形成事实上的权利义务关系情况下，才能够适用实际施工人条款。否则，无论合同有效与否，都应受合同相对性制约，比如承包人与“施工人”签订劳务协议或者非主体结构工程的分包合同。
3、实际施工人不同于施工人。
既然在施工人的基础上又提出了实际施工人的概念，就说明二者是有区别的。笔者认为施工人也是具体组织施工的人，并且是合法的，即是有资质的，并不存在非法转包、违法分包情况下的施工人，而实际施工人则是在某个环节违反了法律规定而产生的施工人。
4、实际施工人不同于施工单位的内部员工和施工单位雇佣的劳动者。
实际施工人是指接受施工任务并组织施工作业的单位或者个人，包括自然人与单位，而不是指具体进行施工作业的单位的员工或受雇于施工单位劳动者。施工单位的内部员工和施工单位雇佣的劳动者（主要为农民工）与发包方、分包方之间不存在建设工程施工合同法律关系，存在的是劳动合同关系或劳务关系。实际施工人可以直接向发包方索要工程款，而施工单位的内部员工和施工单位雇佣的劳动者只能向其单位或雇主索要工资。
5、实际施工人虽然是非法资质借用人，非法转承包人、非法分承包人，但亦享有相应的权利、承担相应的义务。
上海工程律师： 实际施工人使建设工程施工合同突破了一般合同相对性的原理，主要表现为实际施工人可以起诉发包人、承包人索要工程价款，实际施工人与承包人对工程质量向发包人承担连带责任。这与包工头和农民工不同，农民工只可以起诉与其形成劳务关系的承包人、施工人、实际施工人索要工资，农民工对工程质量也不承担责任。
以上是笔者在审判实践中总结的建设工程合同纠纷的部分难点，随着市场经济的发展，新的问题会不断出现，审理建设工程合同纠纷案件也会面临更多的挑战，审判人员应在熟知相关法律、法规和国家政策的基础上，加强与同行们的沟通交流，不断学习，积累经验，培养过硬的业务素质，无愧于人民法官的称号；法律是善良公正的艺术，实践中我们更要心怀司法良知，保持清正廉洁，坚持为人民司法，坚守维护人们合法权益的最后一道防线。