实际操作中，除非承发包双方在合同中明确约定发包人收到承包人提交的结算书后，逾期不答复的视为认可结算书。否则，即使发包人逾期不答复结算书，也不能直接依据承包人提交的结算书结算工程款。
依据《最高院工程合同解释》第20条“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予以支持。”的规定，有一个必须具备的前提条件是承发包方在合同中明确约定，发包人收到竣工结算文件后逾期不答复的视为认可。
其次，虽然相关规定规定发包人应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复，逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。但是这些规定都是行政规章，法院在审理此类案件时不会直接使用上述规定。
最后，根据《最高院视为认可结算文件复函》的规定，《建设合同99版》通用条款第33条第3款“发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任”的规定，不能简单的推论出，双方当事人具有发包人收到竣工结算文件一定期限内不予答复，则视为认可承包人提交的竣工结算文件的一致意思表示，承包人提交的竣工结算文件不能视为工程款结算的依据。
上海工程律师：综上，没有在合同中明确约定发包人收到承包人提交的结算书之后，在约定的期限内不予回复，视为认可结算书的，即使发包人在收到结算书后逾期未作答复的，也不能依据承包人提交的结算书进行结算。所以，承包人在签订合同时尽可能约定发包人收到工程结算书后在合同约定期限内不予答复的，视为认可结算书。同时在合同约定的结算时限环节设定上限违约金，以制约拖延结算行为。但是，若发包人故意拖延结算的，承包人只能及时提起诉讼或仲裁，通过造价司法鉴定确定最终结算款。